Kongres Polonii w Austrii została zarejestrowana w Bundespolizeidirektion Wien, dnia 20.12.2000 roku.
Powodem założenia drugiej organizacji dachowej w Austrii był konflikt dwóch najaktywniejszych organizacji: Klubu Inteligencji Polskiej w Austrii i Zofii Beklen, prezes Wiener-Krakauer Kultur-Gesellschaft z Forum Polonii.